可能です。

削除した行のメンバーのデータが削除されることはありません。

▷社員名簿/[一般項目・メンバー登録]の操作方法>2.メンバーの新規追加/更新方法（CSVで一括登録）

注意点

①必ず7行目以降の行を削除してください。

ファイルの6行目までがヘッダーとして扱われ、ヘッダーがないファイルはエラーになります。

そのため6行目までは編集せずに7行目から編集をしてください。

②セルを空白にしてアップロードすると空白にした項目のデータは削除されます。

前提としてCSVアップロードはメールアドレスもしくは従業員番号がキーとなり、メンバー情報が紐付けされます。
▷社員名簿/メールアドレス・従業員番号を変更したい>CSVで一括で変更する方法

メールアドレスもしくは従業員番号を残した状態で、他の項目のセルをバックスペースキーで空白にした場合は、空白として上書きされるため、データが削除されます。
不要な列や行は、列や行ごと削除してください。
また、安全に操作を行うため事前にバックアップを取ってからアップロードをすることを推奨します。